Beyin sapı lezyonlarının cerrahisi bu bölgede bulunan kritik sinir yolakları ve nükleusların varlığı sebebiyle oldukça zorlayıcıdır ve özellikle intrensik beyin sapı lezyonlarının cerrahi yönetimi hep tartışmalı olmuştur. Bu bölge cerrahisinde amaç, normal dokulara zarar vermeden ve mümkün olduğunca kritik nükleus ve yolakları yaralamadan rezeksiyonu yapabilmek olmalıdır. Bundan dolayı beyin sapının iç yapılarının, güvenli giriş bölgeleri ile olan anatomik ilişkisi iyi bilinmelidir. Bu bölgelerin doğru yaklaşım seçimi ile manipülasyonu deneyimli cerrahlar tarafından gerçekleştirildiğinde, postoperatif nörolojik defisit riskinin en aza indiğine inanılmaktadır. Son yıllarda nöroanatomi, DTI ve DSI traktografi ve nörofizyolojik çalışmaların artması ile eskiden dokunulmaz bölge olarak benimsenen beyin sapı bölgesinin cerrahisi mümkün hale gelmiştir.